История Контрольно-счетной палаты городского округа «Город Калининград» началась 17 декабря 2014 года, когда городским Советом депутатов Калининграда было принято решение № 443 «О создании контрольно-счетного органа муниципального образования — контрольно-счетной палаты городского округа «Город Калининград» и утверждении Положения «О контрольно-счетной палате городского округа «Город Калининград».
Первоначально штатная численность сотрудников Контрольно-счетной палаты составляла 12 человек. В структуре Контрольно-счетной палаты были сформированы два аудиторских направления, возглавляемые аудиторами — строительное и бюджетное. Состав палаты включает председателя палаты, его заместителя, аудиторов и аппарат. Аппарат палаты состоит из инспекторов, которые распределены по аудиторским направлениям, и сотрудников, обеспечивающих иную деятельность. На сегодняшний день штатная численность сотрудников Контрольно-счетной палаты составляет 16 человек. Для решения наиболее значимых вопросов деятельности создана Коллегия Контрольно-счетной палаты, в которую входят председатель палаты, его заместитель и два аудитора.
В связи с изменениями в законодательстве решением городского Совета депутатов Калининграда от 01.12.2021 № 245 утверждено новое Положение «О контрольно-счетной палате городского округа «Город Калининград».
В соответствии с Уставом городского округа Контрольно-счетная палата является постоянно действующим органом внешнего муниципального финансового контроля, образуемым городским Советом депутатов Калининграда и подотчетным ему. Контрольно-счетная палата является муниципальным органом, который входит в структуру органов местного самоуправления, обладает правами юридического лица, имеет гербовую печать и бланки со своим наименованием и изображением герба города Калининграда.
С 2016 года КСП Калининграда является членом Союза муниципальных контрольно-счетных органов.